Để thuế không trở thành “điểm nghẽn” của chuỗi cung ứng nông sản

VCCI đưa ra nhiều kiến nghị nhằm bảo đảm chính sách thuế phát huy đúng tinh thần hỗ trợ sản xuất, thúc đẩy xuất khẩu nông sản và ổn định chuỗi cung ứng.

Trong thời gian qua, cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản – những ngành hàng then chốt của nền kinh tế – đã tích cực triển khai Luật Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15 và các văn bản hướng dẫn. Tuy nhiên, sau hơn ba tháng thực thi, VCCI đã tiếp nhận nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực như Chế biến và xuất khẩu thuỷ sản (VASEP), Cà phê – Ca cao, Hồ tiêu và cây gia vị, Chăn nuôi, Lương thực – Thực phẩm, Gỗ và Lâm sản… về những khó khăn đang phát sinh, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu.

Qua hội nghị đối thoại ngày 9/10/2025 tại Hà Nội với hơn 300 đại biểu tham dự trực tiếp và trực tuyến, VCCI tổng hợp những vướng mắc nổi bật mà doanh nghiệp đang gặp phải.

Thứ nhất, việc áp dụng thuế suất 5% đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản sơ chế chưa phản ánh đúng bản chất giá trị gia tăng. Nhiều sản phẩm như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá hay gỗ nguyên liệu chỉ trải qua các công đoạn bóc vỏ, phơi, xát, sấy… nhưng vẫn phải nộp thuế. Cơ chế “thu trước – hoàn sau” đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế, trong khi lợi nhuận biên ở các ngành hàng này rất thấp (chỉ từ 1–3%). Ví dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD, gây áp lực tài chính nghiêm trọng lên doanh nghiệp. Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia, Ấn Độ – nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.

Thứ hai, thiếu thống nhất trong áp dụng thuế đối với nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi cũng gây khó khăn. Dù Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi không chịu thuế, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá… khi bán ở khâu thương mại. Điều này làm tăng chi phí sản xuất, giảm khả năng tiêu thụ nguyên liệu nội địa và bất lợi cho doanh nghiệp so với hàng nhập khẩu.

Thứ ba, thủ tục hoàn thuế hiện phức tạp, kéo dài và chứa rủi ro pháp lý. Nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ. Quy định yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế mới được hoàn thuế chuyển gánh nặng sang doanh nghiệp, trong khi trách nhiệm xác minh thuộc cơ quan thuế. Mức khống chế hoàn thuế 10% doanh thu xuất khẩu cũng không phù hợp với đặc thù mùa vụ, khiến doanh nghiệp khó cân đối dòng tiền.

Thứ tư, các doanh nghiệp gặp khó khăn trong giao dịch với hộ nông dân nhỏ lẻ, khi nguồn nguyên liệu chủ yếu không có hóa đơn VAT. Việc chưa cho phép sử dụng chứng từ điện tử hay dữ liệu giao dịch số trong hoàn thuế xuất khẩu cũng gây trở ngại cho doanh nghiệp tham gia thương mại điện tử toàn cầu.

Thứ năm, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu bị liên đới trách nhiệm do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa thực hiện nghĩa vụ thuế. Một số trường hợp doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ, có chứng từ hợp pháp nhưng vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế. Tình trạng này ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR). Ngoài ra, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5 đến 8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật, gây áp lực không đáng có đối với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình.

Để tháo gỡ những vướng mắc này, VCCI đề xuất Chính phủ xem xét khôi phục quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với sản phẩm nông sản sơ chế, đồng thời ban hành danh mục cụ thể cho từng ngành hàng để thống nhất áp dụng. Cần cải cách thủ tục hoàn thuế theo hướng tự động, minh bạch, giảm rủi ro cho doanh nghiệp và phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp. Ngoài ra, nên điều chỉnh quy định hoàn thuế theo hướng loại bỏ việc phụ thuộc vào kê khai của bên bán.

Đặc biệt, cần sớm ban hành các hướng dẫn pháp lý đặc thù nhằm tháo gỡ vướng mắc trong giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân – lực lượng sản xuất chủ lực nhưng chưa có cơ chế phù hợp để tham gia chính thức vào chuỗi cung ứng hiện đại.

Về xử phạt, VCCI kiến nghị phân loại mức độ vi phạm và áp dụng hình thức hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi. Những đề xuất này nhằm bảo đảm chính sách thuế phát huy đúng tinh thần hỗ trợ sản xuất, thúc đẩy xuất khẩu nông sản và ổn định chuỗi cung ứng, đồng thời củng cố niềm tin của doanh nghiệp vào hệ thống pháp luật thuế và môi trường kinh doanh thông thoáng, công bằng, bền vững.